引導基金應當遵照國家有關預算和財務管理制度的規定，建立完善的內部管理制度和外部監管與監督制度。引導基金可以專設管理機構負責引導基金的日常管理與運作事務，也可委托符合資質條件的管理機構負責引導基金的日常管理與運作事務。
引導基金受托管理機構應當符合下列資質條件：（1）具有獨立法人資格；（2）其管理團隊具有壹定的從業經驗，具有較高的政策水平和管理水平；（3）最近3年以上持續保持良好的財務狀況；（4）沒有受過行政主管機關或者司法機關重大處罰的不良紀錄；（5）嚴格按委托協議管理引導基金資產。
引導基金應當設立獨立的評審委員會，對引導基金支持方案進行獨立評審，以確保引導基金決策的民主性和科學性。評審委員會成員由政府有關部門、創業投資行業自律組織的代表以及社會專家組成，成員人數應當為單數。其中，創業投資行業自律組織的代表和社會專家不得少於半數。引導基金擬扶持項目單位的人員不得作為評審委員會成員參與對擬扶持項目的評審。引導基金理事會根據評審委員會的評審結果，對擬扶持項目進行決策。
引導基金應當建立項目公示制度，接受社會對引導基金的監督，確保引導基金運作的公開性。