國家自然科學基金包括：面上項目、重點項目、重大項目、國家傑出青年、國家基礎科學人才培養和高技術新概念、新構思探索以及其他專項基金。
自然科學基金按照資助類別可分為面上項目、重點項目、重大項目、重大研究計劃、國家傑出青年科學基金、海外、港澳青年學者合作研究基金、創新研究群體科學基金、國家基礎科學人才培養基金、專項項目、聯合資助基金項目以及國際(地區)合作與交流項目等。通過亞類說明、附註說明還可將壹些資助類別進壹步細化。所有這些資助類別各有側重，相互補充，***同構成當前的自然科學基金資助體系。
重點項目是國家自然科學基金資助體系中的另壹個重要層次，主要支持科技工作者結合國家需求，把握世界科學前沿，針對我國已有較好基礎和積累的重要研究領域或新學科生長點開展深入、系統的創新性研究工作。重點項目基本上按照五年規劃進行整體布局，每年確定受理申請的研究領域、發布《指南》引導申請;重點項目的申請要體現有限目標、有限規模和重點突出的原則，重視學科交叉與滲透，利用現有重要科學基地的條件。壹般情況下，由壹個單位承擔，確有必要時，合作研究單位不超過2個。研究期限壹般為4年(特殊說明的除外)。