凡參加少兒住院互助基金的對象，發生的住院和門診大病醫療費，可先由少兒學生基本醫保基金報銷壹半，其余的醫療費用由少兒住院互助基金給予支付。
參加少兒學生基本醫保的保障對象若發生各類住院醫療費用，以及白血病、血友病、再生障礙性貧血、惡性腫瘤放療、化療及腎移植前透析治療和手術後抗排異治療等專科門診的醫療費用，在醫保範圍內的所有費用，通過該系統可報銷50%。少兒學生參加該保障的費用由政府統壹支出，暫時無需個人負擔。
同時，孩子也可以繼續參加“少兒住院互助基金”。壹旦因傷病住院，除了承擔壹個低額的起付標準（壹級醫院為50元，二級醫院為100元，三級醫院為300元）後，憑少兒住院基金醫療證就可以免交50％的預付金，出院後結算時更可免交50％的醫療總費用;白血病、血友病、再生障礙性貧血、惡性腫瘤慢性腎臟衰竭5種大病專科門診治療費用，也可由少兒住院基金按規定支付50%，基金支付的醫療費用每人每年最高金額累計可達10萬元。
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