比滬港通多100的股票，包括滬港通整體的標的股票。相比滬港通，還有深交所A+H股和恒生綜合小盤股，市值超過50億。
相比之下，深港通下的港股通增加了香港市場的中小盤股票，豐富了投資者選擇深港通和滬港通采取“雙通道”獨立運行機制。投資者可以通過深港通下的港股通賬戶買入港股通股票，但不能通過滬港通下的港股通賬戶賣出。
2.結算和前端操作不壹樣。
滬港通和深港通分別進行外匯、結算、清算、交割和申報；凍結匯率相同，實際匯率不同。客戶前端區分滬港通和深港通分別進行交易操作。
3.標的股票不壹樣。
與滬港通相比，深港通下的港股通數量有所增加，市值超過50億港元的恒生綜合小盤指數成份股。最大的不同是深圳有中小板和創業板，深圳的成長股是滬港通和港股市場的補充。
與滬港通相比，深港通的標的不限於A/H股同步上市，將包括深圳成份股；由於深交所成份股與上交所有較大差異，將豐富香港投資者的投資範圍，但中國高估值成長股能否得到香港投資者的認可存在很大懸念。
參考資料:
百度百科-滬港通
百度百科-深港通
百度百科-港股通