吳教授的學術研究主要集中在藥物代謝和藥物轉運的基礎和臨床藥理學方面,尤其在藥物代謝酶、轉運體和藥物-轉運體相互作用的基礎和臨床藥理學方面。先後承擔國家863、973、重大項目、國家自然科學基金等國家級項目,發表SCI論文數百篇,獲得多項國家發明專利,主持完成國家重大科技項目等多項科研任務。