負責綜合協調基金會秘書處日常政務，承擔文秘、檔案和機要工作；負責與基金會理事的聯絡；協調、管理基金會信息網絡系統；負責掌握國內外基金會及其他公益組織的動態，並負責相關的聯絡工作。
項目策劃部
通過策劃、組織實施有關項目，籌集資金或使基金增值；合理有效利用基金，開展資助殘疾人事業和為殘疾人服務的公益項目或活動。
宣傳聯絡部
負責制定基金會宣傳工作計劃；做好有關籌集基金大型會議、活動的宣傳策劃、對外聯絡工作；做好有關項目的策劃與組織協調工作；做好對外交流與合作的宣傳聯絡工作；承擔領導交辦的其他任務。
資產管理部
負責接受海內外社會各界向中國殘疾人事業捐贈的款物，管理中國殘疾人福利基金會的資產，承擔基金會的基金增值工作。
行政處
負責基金會日常行政管理工作和後勤服務、保障工作；承擔基金會財務和人事工作；管理基金會固定資產和物資。