支付寶醫保電子憑證扣除支付寶余額，或者支付寶綁定的銀行卡裏的金額。
電子憑證中使用支付寶醫保的用戶，在進行相關支付時，會扣除支付寶的余額資金或支付寶綁定的銀行卡內的資金。醫保裏的錢只能用醫保卡扣，支付寶電子醫保憑證無權扣醫保卡裏的錢。
補充:
支付寶醫保在電子憑證方面的優勢。
使用支付寶醫保電子憑證更方便用戶進行相關報銷，即使沒有攜帶醫保卡，也可以進行相關使用。同時，電子醫保憑證具有掛號、報銷、繳費等多項服務，因此使用範圍廣，業務覆蓋面也非常豐富。同時，支付寶和醫保電子憑證可以全國通用，即使在外地就醫，也可以報銷。電子醫保憑證采用先進的科學技術，實名認證。所以比普通醫保卡更有保障。