預算會計適用於各級政府財政部門、各級行政單位和各類事業單位，適用對象明顯是非盈利性的，故又稱非營利組織會計。企業會計適用於以營利為目的從事生產經營活動的各類企業。
第二，會計基礎不同
在預算會計中，行政單位的財政總預算會計和會計核算以收付實現制為基礎；事業單位會計根據單位實際情況分別采用收付實現制和權責發生制。企業會計以權責發生制為基礎。
第三，會計要素的構成不同
預算會計要素分為五類:資產、負債、凈資產、收入和支出。企業會計要素分為六大類:資產、負債、所有者權益、收入、費用和利潤。即使是同名的會計要素，在預算會計和企業會計中也有很大區別。
擴展數據:
預算會計應遵循的基本原則:真實性、相關性、可比性、壹致性、及時性、重要性、清晰性、收付實現制和權責發生制、歷史成本、比例和專款專用。
公共組織的特點是“沒有最終委托人的代理人”，沒有所有者權益，壹般不受產品市場和資本市場的約束。公共組織主要通過法律(法規)和合同條款、資金核算和預算控制來替代其所缺乏的市場規則，對組織進行約束和控制。預算會計恒等式為:資產負債=凈資產(資金余額)；收入-支出=余額。
參考來源；百度百科-預算會計