LOF基金與ETF基金的交易方式主要存在以下不同點。壹是申購贖回的標的不同。前者是基金份額與現金的對價，後者是基金份額與壹攬子股票。二是申購贖回的限制不同。前者在申購贖回上沒有特別要求，後者只有大額投資者（基金份額通常要求在100萬份以上）才能參與壹級市場的申購和贖回。三是兩個交易渠道之間的連通不同。LOF基金轉托管需要兩個工作日，而ETF套利交易當天可以完成。
不同的交易方式導致兩類基金的套利機制存在差異。例如二級市場出現溢價交易的時候，投資者可以通過壹級市場申購基金份額，辦理轉托管後在二級市場上賣出基金份額獲利。但是，基金轉托管業務需要兩個工作日才可以完成，由於無法預測未來兩天後的市場價格走勢，基金的套利機會很難把握。其中的套利成本也不容忽視，如辦理轉托管需要支付手續費以及交易傭金等。因此，個人投資者參與LOF基金套利需謹慎對待。對於ETF基金，當市場價格高於基金份額凈值時，可以通過買入組合證券、申購基金份額、將份額在二級市場上賣出的過程完成套利交易。同樣考慮買入組合證券及賣出基金份額的交易費用。由於申購贖回起點較高（100萬份），中小散戶無法參與。