1，覆蓋人群範圍不同:公費醫療主要是為公務員等國家工作人員提供醫療保障，而中央公費醫療是為所有公務員和事業單位工作人員提供的福利。
2.財政負擔的主體不同:公費醫療的費用由單位承擔，由科室結算，而中央公費醫療由社保基金支付，會在醫院的醫保科結算。