1，投保對象不同。城鎮職工醫療保險，主要是城鎮職工和靈活就業人員；城鎮居民醫保主要針對城鎮居民，新農合主要針對農村居民。
2.保額不壹樣。城鎮職工醫療保險是根據社會工資確定當年的繳費基數；城鎮居民醫保和新農合根據居民年收入確定參保繳費基數。
3.支付方式不同。城鎮職工醫保，在職職工每月從工資中扣除，後兩者以年為單位，來年的費用在當年年底或年初繳納。我國現行的醫療保險制度分為三部分，包括城鎮職工醫療保險、城鎮居民醫療保險和新型農村醫療保險(簡稱新農保)，這是我國醫療保險發展的基石，也是城鄉醫療保險壹體化的具體舉措。具有明顯的中國特色，在解決人民就醫、促進人民健康方面發揮了巨大作用。三者合起來稱為“醫保”。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》。
第二條國家建立基本養老保險、基本醫療保險、工傷保險、失業保險和生育保險等社會保險制度，保障公民在年老、患病、工傷、失業和生育時依法從國家和社會獲得物質幫助的權利。
第二十六條職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險按照國家規定執行。
第二十八條符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和急診、搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。