管理科學與工程學科(原名系統工程)於1985獲批設立博士後流動站(與我校自動控制學科合並)，於1995獲上海市重點學科。本學科博士後流動站獨立設立於1998，2002年被評為國家重點學科。流動站教授17人(其中博士生導師15人)。十多年來，承擔並完成了包括國家、省部委、上海等在內的200多項科研項目；在國內外公開學術期刊上發表論文600余篇，專著16部；獲國家、省、部級科技進步獎20余項。
企業管理
工商管理學科於2003年獲批設立博士後流動站，現有博士生導師24人。2013年，流動站承擔國家和國務院項目3項，國家自然科學(社科基金)18項，其他項目79項，先後獲得省部級獎勵。工商管理學科是我國管理學科高級人才培養的重要基地之壹。
應用經濟學
2012獲批設立博士後流動站。涉及的主要研究領域有金融學、產業經濟學、農業經濟學、國際貿易、數量經濟學、區域經濟學等。下設中國經濟研究中心、產業組織與技術創新研究中心、現代金融研究中心、現代金融工程研究中心、上海交通大學史密斯實驗經濟學研究中心等研究機構。