(1)熱原:多為革蘭氏陰性菌合成的細菌脂多糖。註射到人體或動物體內會引起發熱，故稱為熱原。
註:熱原耐高溫，121℃20min 20分鐘不被破壞。蒸餾去除熱原效果更好。
(2)毒素和侵入酶:細菌產生毒素，包括內毒素和外毒素。
內毒素是革蘭氏陰性菌的脂多糖。
外毒素是革蘭氏陽性菌和少數革蘭氏陰性菌在生長代謝過程中釋放出來的蛋白質，具有抗原性強、毒性強、特異性強的特點。
侵襲性酶某些細菌能產生侵襲性胞外酶，可損傷組織，促進細菌的侵襲和擴散，是細菌的重要致病物質。
(3)色素:有水溶性色素(綠膿桿菌的色素)和脂溶性色素(金黃色葡萄球菌的色素)。不同的細菌產生不同的色素，對區分細菌有壹定的意義。
(4)抗生素:某些微生物代謝過程中產生的微量生物活性物質，能抑制或殺死其他微生物和癌細胞。
(5)細菌素:某些細菌產生的蛋白質只對相關菌株有抗菌作用。抗菌範圍很窄，具有類型特異性，目前無治療意義，多用於細菌分型和流行病學調查。
(6)維生素。比如人體腸道內的大腸桿菌，可以合成B族維生素和維生素K，被人體吸收利用。