在治理體系上，西湖大學借鑒國際經驗，實行董事會領導下的校長負責制，設立監事會、顧問委員會、校務委員會、學術委員會、學位委員會，形成了教師治學、民主管理、社會參與的大學治理體系。目前，校董會成員已進入實質性提名和遴選階段。西湖大學主要領導崗位有很多具有世界壹流水平和國際視野及影響力的人選，選拔工作將盡快推進。在校長上任之前，西湖大學組委會主任、組織工作小組組長、浙江西湖高等研究院院長石將負責西湖大學的日常管理工作。
辦學經費主要來源於舉辦者投入、辦學收入、競爭性科研項目經費、人才政策扶持經費和政府扶持經費等。，日常運行經費主要由杭州西湖教育基金會承擔。同時，西湖大學將成立中國* * *產黨西湖大學委員會，充分發揮黨組織在辦學中的政治核心作用。