為了進壹步促進南京航空航天大學博士生的培養工作，提高博士學位的授予質量，南京航空航天大學研究生院先後出臺了優秀博士、碩士學位論文評選及獎勵辦法，培育優秀博士學位論文試行辦法以及關於博士學位論文隱名評審實施辦法等，設立了博士學位論文創新與創優基金，制訂了研究生“雙語教學”課程建設計劃實施意見，推動了我校研究生尤其是博士生培養質量的全面提高，學校已獲全國優秀博士學位論文3篇，省優秀博士學位論文10篇，省優秀碩士學位論文25篇。
目前南京航空航天大學正根據國民經濟建設和社會發展的需要，合理調整學科布局，優化學科結構，積極發展研究生教育，實施“以人為本，註重內涵，強化特色，加速發展，創建壹流”的發展戰略，為完成南京航空航天大學“十壹五”計劃和遠景規劃提出的建設任務，為把南京航空航天大學建設成為具有航空、航天、民航特色的、國內壹流的、有廣泛國際影響的高水平研究型大學而努力奮鬥。