為充分利用新農合基金，保證參合農村居民最大程度受益，對當年統籌基金結余(含風險基金)超過15%或歷年統籌基金累計結余超過25%的縣(市、區)，要根據結余情況制定二次補償方案，對當年住院或/和特殊病種大額門診的參合農村居民給予二次補償。通過二次補償使當年統籌基金使用率達到85%以上，歷年統籌基金結余率控制在25%以內。