海峽兩岸和諧發展基金會的主要工作宗旨：研究全球經濟壹體化形勢下民間組織發展與國家和諧發展相關的課題；謀求海峽兩岸、四地經濟的合作與和諧發展，促進祖國和平統壹；推動民間組織的健康發展，支持我國政府構建公民社會、和諧社會的發展戰略；促進社會保障體系的建設，全民健康事業的發展；致力於環境與自然資源的保護及合理利用，可持續發展；大力發展文化產業，就業與再就業問題的研究，人才培訓，科技交流；探討研究我國民間組織和社會公益事業發展的新思路；