沈建華研究員的研究領域涉及藥物設計、計算分子生物物理化學和網格高性能計算技術。他在《JACS》、《JMB》和《生物物理學》等SCI雜誌上發表了20多篇論文。並申請了5項專利。先後承擔國家“863”高技術基金項目、國家自然科學基金項目、上海市青年科技之星基金項目、上海市抗擊非典專項研究基金項目等5項國家和上海市基金項目。2000年獲中法施維雅青年藥物化學獎,2003年獲上海市科技進步壹等獎,2003年獲上海市“優秀專業技術人才”稱號。