農業部負責制定有關的政策法規，指導農村合作基金會的管理和發展。地方農業行政部門為農村合作基金會的主管部門。中國人民銀行依法對農村合作基金會的業務活動進行監督，並會同農業行政部門對違反規定辦理存貸款業務的行為進行處理。
農村合作基金會要維護其合法權益，規範其行為，有關部門要壹如既往指導和支持農村合作基金會健康發展。
堅持正確方向。要做到“四堅持”、“四防止”：即堅持互助性，防止辦成金融機構；堅持社區性，防止資金外流；堅持群眾性，防止走“官辦”道路；堅持民主性，防止變成領導幹部“小金庫”。
建立健全制度。
強化監督管理。
要通過上述工作，做到辦會方向正確，辦會質量提高。