首先，孵化器建立孵化基金，通過債權或股權的方式投資在孵企業。因為孵化器可以為在孵企業提供創業指導，所以孵化器投資在孵企業的效果大概會比傳統創投機構更好。
其次，孵化器可以為在孵企業提供平臺，吸收各類資金，包括債權、股權等。就股權投資而言，孵化器不僅可以成為孵化企業吸收股權資金的窗口，更重要的是可以成為孵化企業進行產權交易的平臺。股權投資是孵化企業的主要資金來源，建立股權流通市場對孵化企業融資十分必要。
最後，孵化器可以成為孵化企業融資的信息平臺。對於天使投資人和風險投資人來說，孵化器可以成為信息交流的載體，為各類投資人尤其是個人投資人尋找和選擇項目提供更好的條件。