人口基金直接隸屬於聯合國大會。領導機構是執行局。執行局成員由經濟及社會理事會根據區域分配原則以及主要捐助國和受援國代表權原則選舉產生,任期三年。執行局每年舉行三屆常會和壹屆年會。執行局負責審批人口基金向發展中國家提供的援助項目,審批人口基金的行政和財務預算。秘書處在執行主任的領導下處理日常事務,在60多個國家設有辦事處。執行董事的任期為五年。
1978年5月,中國與聯合國人口基金代表團簽署諒解備忘錄,初步確定合作項目。1980成立北京代表處,駐華代表也是UNDP的代表。1995年6月聯合國人口基金年會和65438年2月大會分別通過決議,決定聯合國人口基金駐華代表處主任更名為駐華代表,聯合國開發計劃署駐華代表不再擔任代表。1980之後,UNFPA開始向中國提供援助;中國也向該基金捐款。
聯合國人口基金於1969開始運作。其主要職責是幫助發展中國家解決人口問題,是人口援助方面最大的國際組織。對發展中國家的援助約有四分之壹是通過聯合國人口基金完成的。