查重是指檢查論文中的文字、標題、作者、參考文獻等內容在同行評議的已發表文獻中是否相似，識別重復部分。對於申請材料，基金委MIS系統采用了認證查重系統。IThenticate是壹款專門用於查重的軟件，可以對所有文本格式的文件進行查重，包括DOC、DOCX、TXT、HTML、PDF等。
申請人提交申請後，系統會自動進行查重，並在24小時內生成查重報告。如果申請人認為查重報告存在錯誤，可以根據報告中給出的操作指南進行修改或申訴。需要提醒的是，國家自然科學基金委員會非常重視抄襲問題，申請人必須嚴格遵守國家自然科學基金委員會的申請規定和國際學術規範，防止因抄襲而被拒絕或處罰。
除了基金委，其他期刊和學術出版機構也有自己的查重系統和流程，包括Crossref、Turnitin、Grammarly等。具體流程和操作方法可能略有不同，需要參考相應的制度規定和操作指南。
為了防止提交後重復檢查失敗，壹般需要在提交前再次檢查。