2003年蕭亞軒參與錄制抗非典公益歌曲《手牽手》和《雄心飛揚》；6月份擔任中國臺灣地區反盜版公益廣告代言人；10月份參加長春“愛在深秋”首屆吉林省大型慈善演唱會；12月份壹周刊賠償壹百萬元的名譽損失，elva全數捐給善牧基金會，作為推廣保障女性權益的善款。
2004年蕭亞軒參加三王壹後“愛的希望2004”慈善籌款演唱會，***募得300萬元捐給善牧基金會。
2005年蕭亞軒參加送愛到南亞賑災晚會並與馬英九代言“9.27”臺北國際無車日。
2006年蕭亞軒受邀拍攝為南亞海嘯發起的慈善寫真集。
2007年蕭亞軒拍攝臺灣癌癥基金會關懷大使,並與王金平拍攝公益廣告並擔任中國兒童少年基金會慈善大使參與晚會表演。
2008年蕭亞軒與馬英九壹起出席女童軍總會在臺北青年公園舉辦的慶祝婦女節路跑並在5.12地震發生後的第壹時間參加“凝聚每份愛”震救災大型義演，以個人名義向5.12汶川地震捐款50萬人民幣