2011年以後基金會開始使用查重系統。沒中的話原則上可以重復，但前提是相同申請人，但如果查到和中過的本子重復內容過多，會被初審砍掉，不會進入評審階段。
將自然科學基金與往年本子重復率相似度超過50%的申請項目轉科學部，作為項目評審參考。