為確保公益項目更高效的實施，在中國紅十字會、上海市民政局等主管部門的指導和支持下，2008年6月，非公開募集機制的上海李連傑壹基金公益基金會註冊成立。上海李連傑壹基金公益基金會作為中國紅十字會李連傑壹基金項目的執行機構，嚴格按照基金會管理規定開展各項業務活動，向中國紅十字會李連傑壹基金項目進行專題報告和結算，並接受年度審計。在中國香港，壹基金集中資源發展公益人才教育項目，合作設立培訓中心，資助中國的公益領袖和社會企業家，積極參與香港的公益項目。
第二階段:深圳壹基金公益基金會
2010 12 3、壹基金落地深圳，經深圳市民政局批準，正式成立深圳壹基金。自此，壹基金具有獨立從事公募活動的合法資格。深圳壹基金原註冊資金5000萬元，發起人為上海李連傑壹基金公益基金會、老牛基金會、騰訊公益基金會、萬通公益基金會、萬科公益基金會，各發起人出資654.38+00萬元。深圳壹基金董事會由11名成員組成(李連傑、周其仁、王石、柳傳誌、、馬雲、馬、牛根生、、周、和)，監事由4名成員組成(劉東華、宋立新、馬紅和張敏)。周其仁為深圳壹基金董事長兼法定代表人，王石為執行主席，馬洪為監事，楊鵬為秘書長。作為壹基金的創始人，李連傑將擔任永久董事。深圳壹基金不僅是壹個獨立的法人實體，也是紅十字壹基金計劃和上海壹基金的延續和發展。理事會是深圳壹基金的決策機構，秘書處是執行機構。2011 1 11深圳壹基金第壹屆理事會會議召開，正式啟動。