當應急維修基金超過50萬時，根據相關規定，這部分資金應該主要用於公***部位和需要維修的部位。公***部位包括建築物的公***區域，如大廳、走廊、樓梯等，以及公***設施，如電梯、供水系統、供電系統等。需要維修的部位指的是已經出現問題或者有潛在問題的區域，如漏水、損壞的墻壁、破損的設備等。這樣的處理方法可以確保資金的合理利用，維護公***設施的正常運行和居民的生活環境。