1.費用分攤不均:縣級醫生醫保基金總支付模式是將醫保基金總預算按設定比例分配給各縣醫療機構，存在不同醫療機構費用分攤不均的問題。有的醫療機構因為規模和能力會獲得較多的醫保基金，有的可能因為各種原因獲得較少的醫保基金，從而影響醫療機構的經營和服務質量。
2.診療行為的影響:縣域醫保基金的總額支付方式可能會影響醫生的診療行為。由於醫生的收入關系到醫保基金的使用，醫生可能更傾向於選擇壹些價格較高的醫療服務，而忽略壹些價格相對較低的醫療服務，這可能導致醫療資源的浪費和不合理的醫療行為。