整個故事和“內戰”這個大事件有關。圍繞規定超級英雄必須註冊的註冊法案,以支持註冊的鋼鐵俠和反對註冊的美國隊長為核心,超級英雄分為兩派。起初,蜘蛛俠被鋼鐵俠說服,在發布會上主動摘下面具宣布身份。這時,他穿上了鋼鐵俠制造的機械蜘蛛服。但沒過多久,他發現報名活動開始失控。政府支持的註冊派為了打擊反註冊派,不惜用各種手段對他進行冷處理。他決定加入反註冊派,脫下機械服,換上紅藍相間的戰鬥服。宙斯盾派了壹個被控制的反派追殺蜘蛛俠,把他打成重傷。幸運的是,他被懲罰者救了。在流亡中加入反登記派後,剛好趕上早已知道他身份的宿敵黑幫“金河”,派殺手刺殺梅姨。梅姨快死了,彼得很生氣。他換上了象征激進主義的黑色作戰服,給了金河壹個沈痛的教訓。這是蜘蛛俠的“黑衣人”事件。美國隊長在內戰結束後才被暗殺。在此期間,蜘蛛俠壹直穿著黑色西裝,直到他加入了神奇四俠的未來基金會,換上了白色西裝。