國家自然科學基金的項目評審嚴格實行“依靠專家，發揚民主，擇優支持，公正合理”的評審原則，采用同行專家通訊評審和專家評審組評審兩級評審制度。目前同行專家系統包括8萬余名同行通訊評議專家（其中科學部專家評審組近千名，並根據需要組建各種專家評審組）。
同行評議專家分布在全國各地的高等院校、研究院所。專家評審組由壹些學術造詣高、學術判識能力強、辦事公正、作風正派、熱心科學基金工作、有壹定聲望的科學家組成。評審組專家實行任期制，每屆任期兩年，連任不得超過兩屆，每屆更新約50%。1986～2007年已組建了十壹屆專家評審組。