首先，投資標的不同。產業投資基金主要投資於具有巨大增長潛力的新興企業，其中中小企業是其投資的重點。債權投資以現金流穩定的成熟企業為主。
其次，目標企業資質審查的側重點不同。產業投資基金註重發展潛力，管理、技術創新和市場前景是關鍵因素。債權投資重在財務分析和物質擔保，其中企業的無償償還能力是決定是否投資的關鍵。
第三，投資管理方式不同。產業基金投資目標企業後，應參與企業的經營管理和重大決策。而債權出資人在企業管理中僅具有參考和咨詢作用，壹般不介入決策。
第四，投資回報不同。實業投資是壹種承擔風險，享受利潤的投資模式。被投資企業如果成功，可以獲得高收益，否則可能面臨虧損，是典型的高風險高收益投資。而債權投資會在到期日按照借款合同收回本息，風險和投資回報會比產業基金低很多。
第五，市場側重點不同。產業投資基金著眼於未來的潛在市場，其未來發展難以預測。債權投資是針對現有的容易預測的成熟市場。