籌建中的“中國藥谷”專項基金主要通過並購生物醫藥類上市公司及培育優質企業的方式，將全國、乃至全球醫藥產業導入駐馬店，為全面推動“中國藥谷”建設提供資本支撐。該基金將由省、市及社會資本三方參與出資，基金設立規模不低於10億元。
未來，基金將瞄準總部經濟、新設研發基地、生產基地遷入等方向對招商引資項目開展投資。主要投資方向為產業發展的重點領域和薄弱環節，優先投資於創新藥、高端仿制藥、現代中藥、生物技術、診斷檢測、高端醫用耗材等生物醫藥重點領域。