首先，投資目標不同。公募基金的投資目標是超越業績比較基準，追求同行業排名。私募基金的目標是追求絕對收益和超額收益。但與此同時，私人投資者不得不承擔更高的風險。
其次，他們的績效激勵機制不同。基金公司公募的收益是日常的基金管理費，與基金的盈虧無關。私募的收益主要是收益分成。只有私募產品凈值為正，才能提取管理費。如果他們管理的基金正在虧損，那麽他們將沒有任何收入。壹般私募基金根據業績利潤提取的業績獎勵是20%。
此外，公募基金對投資有嚴格的程序和嚴格的政策限制，包括持股比例和投資比例的限制。在投資公募基金時，由於涉及投資者的利益，公募運作受到嚴格監管。私募基金的投資行為除了不能違反《證券法》的規定操縱市場外，在投資方式、持股比例、持倉等方面都是靈活的。