LOF基金與其他基金最大的不同是投資者既可以選擇在銀行等代銷機構按當日收市的基金份額凈值申購、贖回，也可以選擇在深交所各會員證券營業部按撮合成交價買賣，簡單地說，它是壹種跨市場基金。投資者可以利用它的這壹特性進行跨市場套利。
比如，在股市大跌時，由於交易所市場上LOF基金拋盤大於買盤，引起LOF基金價格大幅下跌，其下跌幅度會遠遠大於其凈值的下降幅度。因此投資者完全可於T日在交易所市場上買入折價率高的LOF基金，然後去證券公司辦理轉托管手續(轉托管費用約為30元/筆)，在T+1日投資者便可在證券公司以基金凈值贖回LOF基金。只要T+1日的LOF基金凈值扣除手續費後高於T日在交易所市場的買入價，投資者就可以實現套利，價格相差越大獲利越多。
同樣，在LOF基金出現溢價的情況下，投資者也可以在證券公司以凈值買入LOF基金，轉托管後於T+1日在交易所市場拋售LOF基金完成套利。