跨年退回多繳納的水利基金的，企業在實際收到款項時，有兩種操作方式，壹種方式是直接計入營業外收入—稅收減免，其分錄為，
借：銀行存款，
貸：營業外收入—稅收減免。
另外壹種方式是，企業沖減之前計提和繳納的分錄。其分錄為，
貸：應交稅費—應交水利基金。
借：應交稅費—應交水利基金，
貸：以前年度損益調整。