差異:
(1)雜交是非特異性的，但轉基因的特異性:在雜交過程中，將外源水稻的基因組整體轉入水稻，使目標水稻獲得某種性狀，需要通過人工選擇篩選有用的品種，所以雜交周期壹般較長；轉基因是將特定的基因轉移到目標水稻中，而且轉移的基因明確，性狀容易控制，所以周期比較短；
(2)雜交必須在同壹物種的植物之間進行，而不是在不同生物之間進行；轉基因不受物種限制，甚至可以把人類的基因轉移到植物中。所以雜交的選擇性比較小，轉基因植株幾乎不受限制，幾乎可以獲得滿足任何要求的植株。