南理工在自動化、控制理論與控制工程、電氣自動化、計算機、電子信息技術、光學技術、武器系統、高分子材料科學與工程方面比南航好。
但是南航的機械電子、機械設計、機械制造、流體力學、飛機設計、水力學、通信、信號等。都比南理工強。
南京航空航天大學是中華人民共和國工業和信息化部直屬的具有航空航天和民航特色的全國重點理工科大學，是國家“211工程”和“985工程優勢學科創新平臺”重點建設高校之壹。是工業和信息化部、江蘇省人民政府、中國民用航空局共建的“卓越工程師教育培養計劃”和“111計劃”入選高校之壹。
南京理工大學是中華人民共和國工業和信息化部直屬的理、工、文、經、管、法、教、藝等學科協調發展的全國重點大學。是國家“211工程”和“985工程優勢學科創新平臺”下的重點高校之壹，入選“11計劃”、“卓越計劃”、“中俄工程大學聯盟”的高校之壹，被譽為兵器技術人才的搖籃。