莊乾坤的研究方向主要包括生物學和納米電分析化學。他是“七五”和“九五”期間國家重點研究項目的主要參與者,還主持國家基金委重點和壹般研究項目、教育部博士點基金和留學回國人員啟動基金。此外,他還承擔了國家煙草局的重點科研項目和新鄭卷煙廠的科研項目。
莊乾坤在學術領域貢獻顯著,在各類學術期刊上發表多篇研究論文,其中SCI論文26篇。因研究成果突出,獲得國家教委科技進步三等獎(A類)1995,分析測試協會獎勵1997。
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