國家自然科學基金高校排名如下：
1.上海交通大學
2.浙江大學
3.北京大學
4.華中科技大學
5.復旦大學
6.清華大學
7.中山大學
8.中南大學
9.山東大學
10.四川大學
11.西安交通大學
12.同濟大學
13.武漢大學
14.南京大學
15.吉林大學
16.蘇州大學
17.哈爾濱工業大學
18.中國科學技術大學
19.大連理工大學
20.天津大學
21.廈門大學
22.南京醫科大學
23.東南大學
24.首都醫科大學
25.南昌大學
26.華南理工大學
27.北京航空航天大學
28.西北工業大學
29.電子科技大學
30.蘭州大學
31.東北大學
32.中國農業大學
33.南京農業大學
34.北京理工大學
35.中國礦業大學(合)
36.中國石油大學(合)
37.重慶大學
38.南開大學
39.中國地質大學(合)
40.昆明理工大學
以上是2022年國家自然科學基金數目排行榜前四十名的高校，國家自然科學基金由國務院直屬事業單位改由科學技術部管理，依法管理國家自然科學基金，相對獨立運行，負責資助計劃、項目設置和評審、立項、監督等組織實施工作。