北京市自然科學基金設立20年來，依托首都良好的社會經濟條件，在北京市科委、市財政局等政府部門的大力支持以及首都廣大科技人員的傾心相助下，致力於發展首都的基礎性研究，致力於在基礎性研究的層面上為首都的建設和發展服務，致力於人才培養和隊伍建設，致力於為基礎性研究營造良好的環境和氛圍，致力於弘揚科學基金制的精神、形成自身的優勢和特色。在力求提高資助項目的研究水平和為首都服務的水平上，開拓創新，進行了積極的探索和實踐。建立了自由申請平等競爭制度、同行專家評審民主裁決制度、回避制度與保密制度、項目管理制度等，制定了壹系列基金管理辦法，對項目執行過程進行監督與規範，建立了項目基金、自然科學專著出版基金、對外合作交流活動基金、會長基金的項目資助體系。經過四屆北京市自然科學基金委員會的不懈努力，北京市自然科學基金與科技部、國家自然科學基金員會、北京市教育委員會等管理部門建立了密切的聯系，基金的作用和管理水平不斷得到提高，影響逐步擴大。