隨後，在鄧小平同誌的親切關懷下，國務院於2月1986批準成立了中華人民共和國國家自然科學基金委員會。自然科學基金堅持支持基礎研究，逐步形成和發展了由研究項目、人才項目和環境條件項目三大系列組成的資助格局。30年來，自然科學基金在推動我國自然科學基礎研究發展、促進基礎學科建設、發現和培養優秀科技人才等方面取得了巨大成就。
2021年，國家自然科學基金資助項目4.87萬項。
為落實國家中長期科技發展規劃的部署，國家自然科學基金委員會(以下簡稱基金委)於2006年發布了基金委“十壹五”發展規劃。要準確把握“支持基礎研究、堅持自由探索、發揮引導作用”的戰略定位，貫徹“尊重科學、發揚民主、促進競爭、促進合作、鼓勵創新、引領未來”的工作方針。實施“源頭創新、科技人才、創新環境、卓越管理”戰略，促進我國基礎科學各學科均衡、協調、可持續發展。根據國家總體部署，結合國家科學基金資助工作的特點，選擇了13綜合交叉和若幹部門分布的優先發展領域。