如果未繳納公積金的公司有權給員工打折，免責條款是否有效？

無效，這是非法的。根據國務院《住房公積金管理條例》的相關規定，單位應當自每月發放職工工資之日起5日內，將單位繳納的和為職工代繳的住房公積金匯至住房公積金賬戶，受委托銀行計入職工住房公積金賬戶。

因此，單位不能以工資形式直接向職工發放住房公積金，應當依法按時足額辦理住房公積金繳存手續。