到了十月份左右，登錄自然科學基金委網站，關註相關信息。
申請單位先在網上進行預申請，獲得預審受理號後方可在線填寫《國家自然科學基金依托單位註冊申請書》（以下簡稱“申請書”）；要求提供的證件，請掃描作為申請書電子版的附件壹同提交；提交申請材料電子版及壹份紙質原件（蓋章原件），紙質原件應與電子版申請書內容壹致，在受理截止日前提交到自然科學基金委。
申請依托單位註冊時須提交的申請材料如下：
（1）國家自然科學基金依托單位註冊申請書；
（2）獨立法人資格證書副本的復印件；
（3）組織機構代碼證書的復印件；
（4）銀行賬戶開戶許可證的復印件；
（5）單位法定代表人身份證的復印件；
（6）經辦人身份證的復印件。
前款中（2）（3）（4）證明材料的復印件須加蓋本單位公章，並請在前款中五個證件復印件的正面標註“此復印件僅供國家自然科學基金依托單位註冊使用，他用無效 ”字樣（覆蓋在證件中的部分非關鍵字上）。申請者應當對所提交申請材料的真實性和有效性負責。