適用本制度的民間非營利組織與壹般企業核算的主要區別是（壹）非營利組織不以營利為宗旨和目的，而企業以盈利為目的；（二）非營利組織資源提供者向該組織投入資源不取得經濟回報，而企業的投資者要取得經濟回報；（三）非營利組織資源提供者不享有該組織的所有權，而企業的股東享有投資標的的所有權。
非營利組織在所有者權益方面，只設置限定性凈資產和非限定性凈資產；而企業在所有者權益核算時要設置資本公積、盈余公積、未分配利潤等科目。
非營利組織設置業務活動表核算當期成果；而企業設置利潤表核算當期的經營損益。非營利組織不以盈利為目的，所以壹般都免稅；而企業以盈利為目的，必須核算應交稅金。…………