對涉及資金較多、影響較大的案件，必要時可由衛生、財政、監察等部門組成聯合調查組，確保發現壹起，查處壹起。對違規行為的嚴厲處罰。建立健全責任追究制度，依法加大對貪汙、挪用、擠占、騙取新農合基金等違規行為的處罰力度，查處壹起，打擊壹起，提高制度威懾力。除追回被新農合騙取的資金外，對騙取新農合的機構和人員，要按照有關規定嚴肅處理。對違規的定點醫療機構給予警告、限期整改、通報批評、經濟處罰、降低報銷比例、暫停或取消定點資格等處理，對違規情節嚴重構成犯罪的醫務人員移交司法機關依法處理，依法吊銷其執業資格。參合人員提供或借用他人新農合證件騙取新農合基金的，除追回騙取的資金外，取消其當年新農合報銷資格，情節嚴重構成犯罪的，移送司法機關處理。