民航發展基金的前身是機場建設費，性質屬於政府性基金，收入上繳中央國庫納入政府性基金預算，專款專用。從2012年4月起，中國廢止機場建設費，改征民航發展基金，乘坐國內航班的旅客每人次50元，國際航線每人次90元，在購票時與票款壹起繳納。
航空公司代收的民航發展基金無須計算繳納增值稅。機場建設費是籌集機場建設經費而設立的。為了保證地方的投資回報，這壹制度就壹直保留下來。2012年3月，財政部公布新的《民航發展基金征收使用管理暫行辦法》（財綜（2012）17號），規定民航機場管理建設費由民航發展基金取代。2019年4月3日國務院常務會議決定自2019年7月1日起，將民航發展基金征收標準降低壹半。