1、基金管理公司的財務核算與壹般有限責任公司沒有區別，按照壹般公司核算要求建賬即可。
2、基金管理公司壹般是管理基金的，基金壹般都是合夥制企業。
3、合夥制企業會計核算方面與壹般公司有較大差異，主要體現在所有者權益上。壹般公司所有者權益下設：實收資本、資本公司、盈余公積、未分配利潤等；合夥企業為合夥人資本，下設：合夥人原始投資（核算合夥人為合夥企業投資的資本減去抽回的資本）、合夥人提款（合夥人從合夥企業提走的資金，含工資等）、合夥人損益（指合夥企業經營情況）。另外，股東權益變動表也變為合夥人資本變動表。
4、壹般情況下，合夥人提款、合夥人損益兩個科目余額在年末全部轉入合夥人資本中，因為普通合夥企業承擔無限責任，有限合夥人承擔有限責任，所以不存在未分配利潤問題，全部是合夥人的資本。