星際爭霸2自由之翼的故事開始於母巢之戰四年後。
地球聯合議會(UED)的遠征軍在母巢戰役的最後階段已經被全滅。沒有飛船活著返回地球，但是星際爭霸2的傭兵斯巴達聯隊(增強型歌利亞武裝機器人)是UED在星區的殘余勢力。
雷諾在《星際迷航2》中救她的原因是因為雷諾得到了澤拉圖的記憶水晶。澤拉圖警告雷諾，雖然刀鋒女王犯下了可怕的罪行，但現在她是拯救整個生命的關鍵，刀鋒女王不能死。
與此同時，莫比斯基金會的負責人——瓦萊裏安·蒙斯克(帝國王子)——告訴雷諾，她可以用薩那加的神器凈化刀鋒女王，讓她重新變成人類。雷諾能不動心嗎？雷諾和凱瑞甘壹直深愛著對方。雖然雷諾說他會殺了刀鋒女王，但他沒說他會殺莎拉·凱瑞甘。