預付款沒有證據，妳就吃虧了。證據是訴訟的關鍵。爭取在訴訟前和好。
工資協議是有效的。
現在回答問題。
1.如果打官司的話，基本可以拿回妳的錢。需要準備三份證據:股份購買協議、預付款證明、工資協議；
2.提交法院是壹般的民事訴訟。走壹般程序；
3.訴訟費按訴訟標的的4%收取。可以要求被告承擔。但是妳必須預先付款。最後，根據法院的判決，誰來承擔訴訟費。壹般由敗訴方承擔。
建議
請律師代表妳。中介費在1000元以內。妳只能忍著。