清華國家信息實驗室堅持“開放、流動、聯盟、競爭”的運行機制,設有國際顧問委員會和學術委員會。目前有10個研究部門、面向成果轉化的技術創新發展部門、面向社會開放的公共平臺和技術部,建立了面向新興學科的量子信息中心。
清華大學信息國家實驗室位於清華大學,主要機構集中在信息科學與技術樓,擁有優良的學術研究環境和先進的科研開發設施。建築占地近2公頃,總建築面積36000平方米。