1，全國海鐵聯運網絡尚不完善:目前我國海鐵聯運發展仍面臨物流信息化程度低、跨部門跨專業合作機制不健全、政策法規制定和執行不到位等諸多問題，制約了廈門港海鐵聯運網絡的完善和發展。
2.物流成本較高:與海運或鐵路直達相比，海鐵聯運模式需要更多的程序和管理，增加了物流過程的復雜性和成本，將制約企業使用這種模式。
3.競爭壓力大:廈門港所在區域與周邊海港的激烈競爭可能導致企業更多選擇傳統的海鐵聯運方式，而不是海鐵聯運方式。
4.海鐵聯運技術和設施不足:海鐵聯運需要相關技術和設施，包括物流信息系統、碼頭和裝卸設備。